Berikut ini beberapa isu yang menjadi kontroversi dalam setahun pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan Wakil Presiden Boediono.
1. KASUS CENTURY
Kasus penyelamatan Bank Century yang terjadi pada November 2008 atau saat pemerintahan SBY-JK. Kasus Century ditengarai merugikan negara.
Isu itu terus berkembang dan puncaknya DPR membuat Panitia Hak Angket Century atau lebih dikenal Pansus Century pada 4 Desember 2009 saat pemerintahan SBY-Boediono.
Pansus dibubarkan pada 24 Februari 2010 dengan pandangan akhir masing-masing fraksi partai politik di DPR. Hanya Partai Demokrat dan PKB yang menyatakan tidak ada pelanggaran prosedur dalam penyelamatan Bank Century tersebut. Dalam rekomendasinya, kasus ini tetap diteruskan pada aparat penegak hukum, tetapi hingga kini masih terkatung-katung.
"Kasus ini menjadi hantu politik yang sewaktu-waktu bisa bangun," kata anggota DPR Fraksi PKS, Andi Rahmat. Akibat dari isu ini adalah terpentalnya Menteri Keuangan Sri Mulyani Indrawati dari Kabinet Indonesia Bersatu II.
Sebelum mengundurkan diri, Sri Mulyani sempat bersitegang dengan Aburizal Bakrie yang merupakan Ketua Umum Golkar.
2. KASUS KRIMINALISASI KOMISI PEMBERANTASAN KORUPSI
Isu ini bermula dari wacana yang digelar oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono tentang KPK sebagai lembaga "superbody". Hal itu tampaknya mendapatkan sorotan negatif dari media-media, apalagi saat itu kasus Ketua KPK Antasari Azhar sedang disidangkan dalam kasus pembunuhan Nasrudin Zulkarnein. Hal itu membuat polemik antara fakta dan rekayasa terhadap kasus tersebut.
Akhirnya Antasari diberhentikan secara tetap dari jabatannya pada tanggal 11 Oktober 2009 oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono setelah diberhentikan sementara pada tanggal 6 Mei 2009.
Pada 11 Februari 2010, Antasari divonis hukuman penjara 18 tahun karena terbukti bersalah turut serta melakukan pembujukan untuk membunuh Nasrudin Zulkarnaen.
Isu itu belum selesai karena kemudian muncul adanya penahanan anggota KPK Bibit Samad Riyanto dan Candra M Hamzah yang dituduh telah menerima suap.
Namun, hingga kini hal itu tidak bisa dibuktikan oleh pihak kepolisian yang justru memberikan informasi yang berubah-ubah terkait dengan alat bukti penyadapan untuk penangkapan keduanya.
Bahkan, kepolisian lebih dipermalukan dengan pemutaran percakapan Anggodo dan Yuliana Gunawan pada 3 November 2009. Kasus ini kemudian merembet dengan perseteruan KPK dan kepolisian dan yang memunculkan sebutan "cicak lawan buaya".
Salah satu akibat dari kasus ini adalah kemunculan Satgas Mafia Hukum. Isu kriminalisasi KPK hingga kini belum selesai karena masih adanya hambatan hukum terkait status Bibit Samad Riyanto dan Candra M Hamzah yang telah ditetapkan menjadi tersangka.
3. KASUS MAFIA PAJAK
Hal ini bermula dari pengungkapan oleh mantan Kabareskrim Polri, Komjen Susno Duadji, tentang adanya mafia pajak yang melibatkan aparat pajak Gayus Tambunan, oknum kepolisian, dan aparat penegak hukum lainnya.
4. SEKRETARIAT GABUNGAN
Sekretariat Gabungan (Setgab) merupakan perhimpunan partai koalisi yang diketuai oleh Ketua Dewan Pembina Partai Demokrat Susilo Bambang Yudhoyono dan ketua pelaksana harian oleh Aburizal bakrie. Setgab didirikan untuk menjembatani antara eksekutif dan politik di legislatif. Setgab menimbulkan kontroversi karena sering kali dinilai memiliki kewenangan layaknya pemerintah. Di antara anggota Setgab yang terdiri dari enam partai koalisi juga terjadi ketidaknyamanan, terutama terhadap kepemimpinan Golkar. Hingga kini isu ini masih terus berlangsung.
5. KONFLIK PERBATASAN DENGAN MALAYSIA
Masalah perbatasan dengan Malaysia bersifat laten dan bisa menonjol sewaktu-waktu, tetapi temporer. Isu ini pernah menyita perhatian publik ketika petugas Dinas Kelautan Indonesia ditangkap oleh Kepolisian Diraja Malaysia di Perairan Tanjung Berikat.
Gelora nasionalisme di masyarakat menguat sehingga membuat Presiden harus berpidato di Markas TNI untuk masalah ini.
6. ISU JAKSA AGUNG
Munculnya isu itu berawal dari pengajuan uji materiil UU terkait pengangkatan Jaksa Agung Hendarman Supandji oleh Mantan Mensesneg Yusril Ihza Mahendra ke Mahkamah Konstitusi. Hasilnya, Mahkamah Konstitusi menyatakan, Hendarman Supandji tidak sah lagi menjadi Jaksa Agung.
Sumber : http://nasional.kompas.com/read/2010/10/16/10545433/6.Isu.Kontroversial.Pemerintahan.SBY