Makam mantan Asisten Direktur Intelijen Angkatan Udara Republik Indonesia, Letkol (Pnb) Heru Atmodjo, dibongkar dan dipindahkan dari Taman Makam Pahlawan Kalibata pada 27 Maret 2011. Makam Heru diduga dipindahkan karena semasa hidup Heru selalu dikaitkan dengan Gerakan 30 September yang dilakukan Partai Komunis Indonesia.
Sebagai salah satu petinggi di Dinas Intelijen AURI, Heru sering dianggap sebagai salah satu 'dalang' peristiwa G30S/PKI. Jabatan orang kedua di Dinas Intelijen AU mulai disandang Heru sejak 1 April 1965, menggantikan Komodor Dewanto, yang saat itu naik pangkat menjadi Panglima Angkatan Udara merangkap Direktur Intelijen AURI.
Seorang peneliti dari Universitas Leiden Belanda, Prof Dr Coen Holtzappel, bahkan pernah menuding Heru sebagai pemimpin G30S/PKI. Dalam artikel berjudul "A Political Movement of the Armed Forces or an Intelligence Operation?", Holtzappel menulis G30S/PKI sebagai operasi intelijen AU, yang dipimpin Letkol (Pnb) Heru Atmodjo. Heru juga dituduh "menyediakan senjata, truk, dan uang" dalam G30S/PKI.
Tuduhan ini kemudian dibantah Heru dalam buku berjudul "Gerakan 30 September, Kesaksian Letkol (Pnb) Heru Atmodjo". Dalam buku itu, Heru menceritakan perannya sehari sebelum peristiwa hingga empat hari setelah peristiwa. Heru membantah mengikuti rapat-rapat yang dilakukan PKI.
Dalam Mahkamah Militer Luar Biasa, Heru juga disebut ikut menandatangani dekrit pembentukan Dewan Revolusi. Tapi dalam bukunya, Heru menjelaskan tanda tangannya yang terdapat dalam Dewan Revolusi dipalsukan oleh orang lain.
Sedangkan sejarawan Asvi Warman Adam mengatakan keterlibatan Heru di G30S/PKI secara tidak sengaja. "Dia tahu dari Mayor Soejono (komandan Pasukan Pertahanan Pangkalan AU) tentang isu Dewan Jenderal. Lalu diperintah atasannya (Laksamana Oemar Dhani), untuk mengetahui dan terlibat persoalan, mencari tahu apa yang sebenarnya terjadi. Memang tugasnya," kata Asvi saat berbincang dengan VIVAnews, 26 April 2011.
Sedangkan menurut Julius Pour, dalam buku "Gerakan 30 September. Pelaku, Pahlawan, dan Petualang", Heru yang tidak pernah mengikuti pertemuan dan rapat persiapan, pada 1 Oktober 1965 pagi, langsung didepak serta didekritkan sebagai Wakil Komandan Gerakan 30 September sekaligus Wakil Komandan Dewan Revolusi.
Karena itu, Asvi Warman Adam pun menegaskan bahwa Heru tidak pernah terbukti terlibat sebagai wakil Komandan Dewan Revolusi dalam G30S/PKI. "Hukumannya yang sebelumnya oleh Mahmilub divonis seumur hidup, kemudian dikurangi menjadi 15 tahun, itu karena tidak terbukti," jelas Asvi.
Heru Atmodjo merupakan pemegang gelar Bintang Gerilya, berkat perjuangannya di masa kemerdekaan. Karena itu, berdasarkan Peraturan Pemerintah no 35 tahun 2010, Heru berhak dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata ketika meninggal pada 29 Januari 2011.
Tapi, kini makam Heru dipindahkan dari TMP Kalibata, dengan alasan yang tidak diketahui secara pasti. Kepala Dinas Penerangan Umum TNI Kolonel Minulyo Suprapto mengatakan ada kesalahan prosedur dan kriteria, sehingga Heru tidak bisa dimakamkan di TMP Kalibata.
Namun, Mabes TNI belum bisa memastikan alasan pemindahan Heru karena pernah dianggap terlibat G30S/PKI. "Apa ada keterlibatan Beliau dengan PKI, untuk itu bisa ditanyakan ke Angkatan Udara," kata Minulyo.